اقترنت طباعة الفاكسميلة (صورة طبق الأصل) لمصحف المشهد الرضوي بتحقيق النّص وقراءة كلماته. وقد جُعِلَت في الصفحات اليُمنی جميع صفحات النُّسختين من مصحف مكتبة العتبة الرضويّة في مشهد، (المُرقّمتين 18 و 4116). ووُضعت في الصفحات اليُسری الخاصّة بقراءة النّصّ ودراسته الآيات المنضّدة ونتائج المقايسة والتعليقات التي دوّنها المحقّق في هذا الصدد. وهذه بعض نقاط إيضاحية توضع أمام الباحثين والمحققين ترتبط بمنهج عملي في إنجاز هذا التحقيق:

• تم تنضيد الآيات القرآنيّة في الصفحات اليُسری (الخاصّة بقراءة النّصّ ودراسته) كما هي عليه في المخطوطة المُثبَتة في الصفحات اليُمنی، دون زيادة أو نقصان. في أوّل كلّ سطر من النصّ القرآني المنضّد وضعنا رقماً له إشارة إلی رقم السطر في النصّ الأصلي (المخطوطة) لكي يسهل علی القارئ أن يقايس بين النص الأصلي (المخطوطة) والنصّ المحقَّق.
• وبما أنّ مصحف المشهد الرضويّ نصٌّ قديم وينفرد عن غيره ببعض الفروقات والإختلافات النصية، وضعنا المفردات المتباينة في عمودٍ خاص، لِتُتاح مقايستها بإحدى المصاحف الرّسميّة والمُتداولة في العالم الإسلامي والمعروف بمصحف القاهرة أو المُصحف الأميري. تشتمل هذه الفروقات على اختلاف في الرسم (أو الإملاء)، واختلاف القراءات، والفوارق في عدّ الآي؛ وميّزنا كذلك المقاطع المبهمة أو غير المقروءة في بعض الآيات؛ ما أضيف إلی النّص من إصلاح أو تعديل في العصور المتأخرة، وما وقع فيه الكاتب من خطأ أو سهو. توخّياً للدقّة في عملنا ميّزنا فروقات المصحف بألوان مختلفة، ووضعنا جدولاً إلی جانب الصفحات اليسری يوضّح دلالة كلّ لون من هذه الألوان.
• علی هذا، فاللون الأصفر مثلاً يدلّ على حرف غير موجود في مصحف المشهد الرضوي قياساً إلی مصحف القاهرة، وهكذا. على سبيل المثال تدلّ الميم الصفراء في كلمة «أمنی» على أنّ هذه الـ «م» بعدها حرف «أ» محذوف (= أماني). ويدلٌّ اللّون الأخضر في كلمة «الكتـاب» علی زيادة حرف «أ» في مصحف المشهد الرضوي على ما في مصحف القاهرة (= الكتب). وكذا سائر الألوان، فإنّها تعبّر عن ملاحظات خاصّة مثل اختلاف القراءات، وإصلاح الكلمة وإعادة كتابتها، والمسح في النُّسخة، وسواها.
• خُصّص هامش كلّ صفحة لشرح أو تبيان أهمّ الملاحظات التاريخية والتفسيرية والاختلافات الموجودة في نُسختَي مصحف المشهد الرضوي عن غرره من المصاحف، مثل: غرائب الرسم، واختلاف القراءات، والفروق بين مصاحف الأمصار، والاختلاف في عدّ الآي، والاختلاف في أسماء السور، وأخطاء الناسخ، والتباين في ترتيب السُّوَر، سواءٌ ظهر أثرهذا التباين في بداية السورة أو نهايتها.
• وفيما يتعلّق ببعض النّماذج الإملائيّة الخاصّة والتي لا تتطابق رسم المصحف المتداول، قمت بمراجعة النّصوص القديمة التي دوّنها علماء المسلمين عن هذا الرسم أو الإملاء، سواء تشابهت أو اختلفت عمّا في مصحف المشهد الرضوي، قياساً إلی سائر المصاحف القديمة الحجازيّة والكوفيّة التي وصلت من القرون الإسلاميّة الأولى.